生物碱是天然中药材中分量很重的一类活性成分，多具有显著而特殊的生理活性，在消炎、镇痛、降血压、抗癌等发面表现出越来越重要的药用价值。传统生物碱的分离方法主要有：浸渍、煎煮、溶剂回流、渗漉等，以及新开发的超临界流体萃取技术，微波辅助提取技术，超声辅助提取技术，双水相萃取技术等。上海樊克生物有限公司对生物碱这一类物质的分离利用常规方法，总结了一些分离技巧，获得生物碱分离纯化的的方法，不但可以提高产品纯度，也可以提高收率。


以去甲异波尔定这个生物碱为例，去甲异波尔定属于异喹啉生物碱，按照常规的分离生物碱的方法是，先对药材进行提取、浓缩，再利用乙酸乙酯或者二氯甲烷进行萃取，然后通过硅胶柱柱层析分离，收集到产品的主产品段，再进行二次硅胶柱纯化或者结晶得到纯品；但是去甲异波尔定的提取原药材是乌药，提取浓缩液比较粘稠，而且颜色也很深，直接进行萃取，一方面是乳化严重，另一方面耗费的有机试剂也比较多，大大增加了成本。

通过大量的研发实验，总结了一些技巧，技巧一：采用大孔树脂的富集，同时进行酸碱的合理调整，灵活运用生物碱游离态和盐酸盐形式的转化，使生物碱的分离过程降低了成本，简化了生产步骤，同步，生物碱纯度的上升也得到的很好地提高；技巧二：灵活合理地利用结晶方法，具体地说是结晶与硅胶柱巧妙结合，通过硅胶柱改善产品半成品的颜色和粘度，然后利用结晶技巧完成产品纯度的上升，结晶试剂的合理选择以及结晶参数的严格控制是很关键的。成都瑞芬思生物科技有限公司利用常规方法，常规试剂但是通过生物碱分离纯化的技巧实现了生物碱类成分地分离纯化，成本低，收率提高了 30% 左右，积累了生物碱不同类别的分离纯化工艺。


此外，在毕扣扣灵碱，又名(+)-荷包牡丹碱，以及吐根中的生物碱成分如盐酸吐根碱、盐酸吐根酚碱，Ipecoside 等生物碱的提取分离方面也取得了良好的效果，产品纯度均可达到 99% 以上