使用后对色谱柱的冲洗保存比较重要，使用了缓冲系统的尤其要注意。这里推荐一个反相色谱系统的通用冲洗流程：将所有通道置换成含有较低有机相比例的水相中，比如10-30%乙腈或甲醇，然后冲洗1个小时，然后再梯度增加有机相比例，各冲洗一定时间，终保留在高有机相比例的冲洗液里。低有机相比例的冲洗液是为了尽可能地冲洗缓冲盐。通常低压梯度洗脱的液相色谱仪采用的是四元泵，就是单泵四通道，比例阀混合。这种混合方式有个弊端，就是混合效果差，因为各通道不同比例是通过开关各通道阀的时间来控制的。打比方乙腈：缓冲盐=50：50，如果流速是1.0mL/min，并不是说乙腈和缓冲盐以各0.5mL/min的流速来混合；而是流速一直是1.0mL/min，但是在往复泵一个来回的时间内，两个通道分别打开一半的时间，也就是说系统管道里是一段乙腈、一段缓冲盐。这样就会造成盐的析出。所以，往往是两通道混合，就算没有用缓冲盐，还是建议先按比例混合好了，然后走单通道，否则的话一样会造成盐析出，或者基线波动。走梯度洗脱的话，往往会把有机相通道（B）中加入一定比例的水，或者把水相通道（A）配成梯度洗脱的初始比例，把有机相通道（B）配成梯度洗脱终的比例。

色谱柱使用过程中，如果压力升高，一种可能是烧结滤片被堵塞，这时应更换滤片或将其取出进行清洗；另一种可能是大分子进入柱内，使柱头被污染；如果柱效降低或色谱峰变形，则可能柱头出现塌陷，死体积增大。在后两种情况发生时，小心拧开柱接头，用洁净小钢将柱头填料取出1-2mm高度(注意把被污染填料取净)再把柱内填料整平。然后用适当溶剂湿润的固定相(与柱内相同)填满色谱柱，压平，再拧紧柱接头。这样处理后柱效能得到改善，但是很难恢复到新柱的水平。柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前装一根与分析柱相同固定相的短柱(5-30mm)，可以起到保护、延长柱寿命的作用。采用保护柱会损失一定的柱效，这是值得的。通常色谱柱寿命在正确使用时可达2年以上。以硅胶为基质的填料，只能在pH2-9范围内使用。柱子使用一段时间后，可能有一些吸附作用强的物质保留于柱顶，特别是一些有色物质更易看清被吸着在柱顶的填料上。

色谱柱是气相色谱的核心部件，用以分离各种复杂的混合物。通过学习了解它的分离基本理论，了解色基本原理，在实际工作中根据测试项目选择合适的色谱柱，得到所需的分离效果。

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