色谱柱由柱管、压帽、卡套（密封环）、筛板（滤片）、接头、螺丝等组成。柱管多用不锈钢制成，压力不高于70 kg/cm2 时，也可采用厚壁玻璃或石英管，管内壁要求有很高的光洁度。为提高柱效，减小管壁效应，不锈钢柱内壁多经过抛光。也有人在不锈钢柱内壁涂敷氟塑料以提高内壁的光洁度，其效果与抛光相同。还有使用熔融硅或玻璃衬里的，用于细管柱。色谱柱两端的柱接头内装有筛板，是烧结不锈钢或钛合金，孔径0.2~20μm(5~10&μm)，取决于填料粒度，目的是防止填料漏出。北京绿百草科技发展有限公司技术人员建议，使用色谱柱须留意下列的一些细节：
    1、将色谱柱接到色谱仪之前，必须先用合适的溶剂冲洗流路（包括流通阀和定量环）。 如之前是反相系统，先用水把系统中可能含有的盐冲洗干净，再用异丙醇以2ml/min冲洗1小时左右，再接色谱柱。
    2、有些溶剂（比如丙酮、氯仿、DMF、二甲基亚砜、乙酸乙酯、二氯甲烷、THF）会破坏手性固定相，应禁用。 
    3、如果使用的是自动进样器，进样间隔的冲洗液也必须更换成合适的溶剂。
    4、接色谱柱之前，充分冲洗系统。
    5、避免使用除正己烷，异丙醇，乙醇之外的其他溶剂，如样品中含有其他溶剂也需注意。
    6、压力建议在50Bar以下，高不能超过100Bar。
    7、样品检测前需仔细询问送样人员样品中可能含有的溶剂，如果工艺中用到丙酮、氯仿、DMF、二甲基亚砜、乙酸乙酯、二氯甲烷、THF，则需尽量烘干。样品尽量溶解在流动相中，并用0.45μm滤膜过滤。不能使用强碱性物质作为流动相添加剂或者溶解样品，因为这样会损坏填料中的硅胶成分。 
    8、如果系统中或者色谱柱中含较高浓度的异丙醇或者乙醇时，由于他们的粘度比较大，平衡色谱柱时需特别注意压力变化，可采用低流速平衡，当柱压下降后再逐渐升高至要求的流速。 
    9、样品检测完毕，用无水乙醇清洗色谱柱，以0.5ml/min冲洗3个小时。用无水乙醇柱压会比较高，所以流速不能过高，冲洗过程中注意压力变化，如超过50bar，则把流速降至0.3ml/min，并适当延长冲洗时间。 
    10、若色谱柱处于长期闲置状态时，要将色谱柱冲洗，建议冲洗3-4小时以上，后保存在纯有机试剂或高比例的有机试剂溶液（如90%甲醇水）中。