凝胶成像系统是实验室常用的一种仪器，其应用范围其广泛。总的来说，凝胶成像系统可以用于：蛋白质、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分离纯化结果作定性分析；确定生物分子的分子量；用于生物分子的定量分析。
    样品在电泳凝胶或者其他载体上的迁移率不一样，以标准品或者其他的替代标准品相比较就会对未知样品作一个定性分析。这个就是图像分析系统定性的基础。根据未知样品在图谱中的位置可以对其作定性分析，就可以确定它的成份和性质。  
    样品对投射或者反射光有部分的吸收，从而照相所得到的图像上面的样品条带的光密度就会有差异。光密度于样品的浓度或者质量成线性关系。根据未知样品的光密度，通过于已知浓度的样品条带的光密度指相比较就可以得到未知样品的浓度或者质量。这就是图像分析系统定量的基础。采用新技术的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布加均匀，大限度的消除了光密度不均造成的对结果的影响。
    凝胶成像系统具体可以用于哪些实验分析？
    具体从使用分析的角度来看，凝胶成像系统可以应用于分子量计算,密度扫描,密度定量,PCR定量等生物工程常规研究。
    1、密度扫描  
    在分子生物学和生物工程研究中,常用到的是对蛋白表达产物占整个菌体蛋白的百分含量的计算。传统的方法是利用专用的密度扫描,但利用生物分析软件，结合白光照射的凝胶成像获取图片，就能完成此项工作。  
    2、PCR定量  
    PCR定量主要是指，如果PCR实验扩增出来的条带不是一条，那么可以利用软件计算出各个条带占总体条带的相对百分数。就此功能而言，与密度扫描类似，但实际在原理上并不相同。PCR定量是对选定的几条带进行相对密度定量并计算其占总和的百分数，密度扫描时对选择区域生成纵向扫描曲线图并积分。
    3、分子量定量  
    对于一般常用的DNA胶片,利用分子量定量功能,通过对胶上DNA Marker条带的已知分子量注释,自动生成拟合曲线,并以它衡量得到未知条带的分子量。通过这种方法所得到的结果较肉眼观察估计要准确很多。此方法也适用于对PAGE蛋白胶条带的分子量测定。
    4、密度定量  
    一般常用的测定DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)浓度的方法是紫外吸收法,但它只能测定样品中的总核苷酸浓度,而不能区分各个长度片段的浓度。利用凝胶成像系统和软件,先将DNA胶片上某一已知其DNA含量的标准条带进行密度标定以后,可以方便的单击其他未知条带，根据与已知条带的密度做比较，可以得到未知DNA的含量。此方法也适用于对PAGE蛋白胶条带的浓度测定。