微生物由于其特殊的生命特征，即便食品污染或摄入很少，其自身也可以通过繁殖来增强其威胁程度，因此很难通过定量标准来完全控制微生物的危害.另外，微生物及其毒性代谢产物又会污染环境，进而污染食品，不仅会导致不同地区的微生物或毒素的污染，还会引发新一轮传播。
    生物指示剂是一类特殊的活微生物制品,可用于确认灭菌设备的性能,灭菌程序的验证,生产过程灭菌效果的监控等。对特定灭菌处理有确定的抗力，并装在内层包装中可供使用的染菌载体。用于确认灭菌设备的性能,灭菌程序的验证,生产过程灭菌效果的监控等。

    微生物导致的食源性疾病，从其发生来看具有潜在的不确定性;从其所致危害产生来看，具有扩展性和循环性;从其监测与控制来看，也存在较大复杂性和难度.微生物的变化性也使得对微生物标准的制定要随着时间、技术的发展和对微生物及其毒素的认识深入，不断调整，而不能一成不变。

    从检测仪器的角度来看，包括培养仪、免疫检测系统、核酸检测系统、PCR仪、酶联仪、生物传感器等.从近年来食品中微生物的检测技术来看，体现出以下几个趋势:先，现场快速检测技术应运而生，而且成为迫切需求，其次，检测能力从定性到定量的转变，不仅需要检测出有什么，还要检测出有多少，再次，检测仪器操作由复杂化到‘.傻瓜式”的趋向，操作的便捷化对检测技术提出了高的要求，还有，微生物由肉眼判定到仪器判定的趋向，检测仪器不仅要准确判定，还需要对定量结果进行储存、调出、打印、传输，从而实现检测的完整性。