有些需要灭菌的材料不能受热，例如许多维生素溶液。因此，许多液体可以用过滤法来灭菌。过滤法不是将微生物杀死，而是把它们排除出去。目前过滤除菌采用两类器具，一类叫深层滤器，例如用烧结玻璃、不上釉的陶瓷颗粒或石棉压成的滤板等：另一类是滤膜。深层滤器已经使用了100年以上，现在有逐渐被滤膜取代的趋势，但因为大量沉淀物容易堵塞滤膜，所以一般先用深层滤器除去大的颗粒。

    滤膜一般由醋酸纤维素、硝酸纤维素、多聚碳酸酯、聚偏氟乙烯等合成纤维材料制成。滤膜的孔径一般为0.2微米，它可以滤除大多数微生物的营养细胞。过滤法的大缺点是不能滤除病毒。

    全办法主要用于气体、水、含有可溶性、不稳定物质的培养基、试验液体和液状医药品等。通常使用的过滤装置有膜过滤器，磁制过虑器、玻璃纤维过虑器等。

    灭菌的基本要求有：要重复使用的诊疗器械、器具和物品，使用后应先清洁，再进行消毒或灭菌。被朊病毒、气性坏疽及突发不明原因的传染病病原体污染的诊疗器械、器具和物品，应执行WS/T 367第11章的规定。耐热、耐湿的手术器械，应压力蒸汽灭菌，不应采取化学消毒剂浸泡灭菌。环境与物体表面，一般情况下先清洁，再消毒；当受到患者血液、体液等污染时，先去除污染物，再清洁与消毒。医疗机构消毒工作中使用的消毒产品应经卫生行政部门批准或符合相应标准技术规范，并应遵循批准使用的范围、方法和注意事项。