脉动真空灭菌器主要用于对空腔物品及器具等进行蒸汽灭菌。在制药行业中可对瓶塞、操作工具、大量的工作服等不需降温防爆的布类物品或药品进行灭菌，也可用于制药行业中生产卫生材料、敷料、器械等产品的单位作灭菌设备，可用于药材的灭菌、熏蒸和烘干。也可用于食品灭菌。 密封门设有电气和机械压力安全连锁装置，当灭菌室内有压力时密封门不能被打开，确保设备及操作者人身安全。是利用饱和蒸汽在冷凝时释放出大量潜热的物理特性，使待灭菌的物品处于高温和潮湿的状态，经过一段时间的保温从而达到灭菌的目的。利用的是高温饱和蒸汽穿透力强的特性。如何保证脉动真空灭菌器的灭菌质量？
脉动真空蒸汽灭菌器对冷空气排出比较彻底，一般脉动三次，每次脉动-80Kpa以下，从而使灭菌室内排出冷空气达到99%以上，灭菌室内温度一致性高，内室抽空，夹层保持一定压力温度，还能使灭菌物品干燥。避免二次感染。故而广泛应用于耐热、耐湿物品灭菌。 
被灭菌物体在灭菌前的清洁处理是灭菌成功的关键，尤其是一些比较难清洗的医疗用品是如此，国外曾研究发现彻底的清洁可以降低3―4个对数的细菌量，可容易达到降低有机物的含量；如果不能有效地清除有机物等污染物，它会大大降低灭菌剂的活性，躲藏在有机物内的细菌不易被灭菌剂杀死；因此如果清洁不彻底，整个灭菌过程可能失败。必须注意的是，不能通过延长灭菌时间和提高灭菌剂的温度来降低清洁要求；为了便于有效地将有机物去除，好采用含酶清洁剂，以加强清洁的效果。清洗有手工清洗和机器清洗。手工清洗费时费力，不能保证每一次清洗的一致性。此外手工清洗时灭菌医务人员必须戴防水口罩、眼罩、手套、套、帽子、防水鞋、围裙等；机器清洗则投资大，但可以保证清洗的一致性；但必须注意的是；机器清洗并不能全部代替手工清洗，对于某些管道、仪器和教难清洗部位必须手工清洗；此外对于清洗设备必须经常清洗和保养以免机器清洗失败。 
蒸汽干燥度是蒸汽性质的另一个要求，按照实践所知，饱和蒸汽的含量不得低于97%。也就是说，蒸汽源中所含的水微粒或不洁净物应低于3%。否则容易引起湿包现象，导致灭菌失败。一般蒸汽源压力在0.3-0.5Mpa。启动灭菌器前先将管道中的冷凝水排放掉，尤其对于长距离输送来的蒸汽，灭菌器前可装汽水分离器。灭菌过程中注意观察压力和温度的对应关系。一定饱和蒸汽压力与温度存在对应关系，便可推断出蒸汽源的质量。 
水的硬度分为两类：其一，暂时硬度，只要由钙、镁的重碳酸盐等形成；其二，主要由钙与镁的硫酸盐、硝酸盐及氯化物等形成的硬度，它不能用煮沸的方法去除，故又成为硬度。因为消毒灭菌器设备长期处于湿热的条件下工作水中的杂质如溶解氧、二氧化碳、硫化氢、氯化物等等，无论是气态或微粒，均能引起不锈钢和金属产生晶间腐蚀。因此要求消毒灭菌器设备的供水和供汽的PH值在7-7.8之间，锅炉用水和消毒灭菌器设备用水必须进行软化水处理。
使用脉动真空灭菌器灭菌时，应尽量将同类物品一批灭菌，并避免将器械包直接接触棉织品包。如必须将不同类物品一起装放，则应以难达到灭菌物品所需的温度和时间为准。 
总之要获得可靠地灭菌效果，除了灭菌器本身的设计、制造质量以及对灭菌器的完善的维护保养以外，对于消毒灭菌工作人员正确掌握消毒与灭菌的基础知识，熟悉灭菌器的工作原理，严格消毒灭菌工作的操作规范，认真对待每一项与灭菌有关的规定，是获得灭菌成功的关键因素。