基因扩增仪实际上相当于一个率的温控系统，能够在短时间内率的切换PCR酶反应所需要的温度：能够快速进行温度切换和调整对于PCR反应来说是很重要的，下面小编讲讲PCR 扩增仪使用方法，带有相关英文指示步骤的操作：

1.手动/机械手式水浴基因扩增如上图所示，用三个恒温水浴箱，分别将三个水浴温度恒定在三个温度：PCR的高温变性温度（如94℃）低温复性温度（如58℃），适温延伸温度（如 72℃）。

再用一个装有PCR标本试管的提篮，用手工在不同温度的水浴箱中依次水浴，标本在每个水浴箱中恒温的时间用秒表计时。

这种方法的特点是：实验人员劳动强度大，容易因疲劳引起差错；而优点是:设备简单，投资少，与自动化基因扩增仪相比，它无须升降温过程，实验时间短，试验接近理想PCR反应条件。

事实表明实验效果还是不错的，但由于标本试管从一个水浴箱往另一个水浴箱移动中要较短暂暴露于空气中，因此如移动速度不够快时也会对标本形成温度干扰，影响结果。

2.自动化控制型定性基因扩增仪

与上述水浴式扩增仪相比，也有人称该种扩增仪为干式基因扩增仪，它是具代表性的扩增仪，包括后续介绍的第三代、第四代都是以第二代为基础集成了定量检测部分。

3.终点定量/半定量

第二代的定性PCR只能判断阴性阳性，而无法评价特定核酸的浓度及定量分析，定量PCR至少能达到定性PCR无法实现的下列功能： a.潜伏期病毒浓度探测  b.感染程度  c.致病病原体数量变化测定  d.抗病物疗效评估  e.恢复期病毒载量检测

4..实时定量PCR

实时定量QPCR仪＋实时荧光定量试剂+通用电脑+自动分析软件，构成PCR-DNA/RNA实时荧光定量检测系统。