Eph受体包括三个结构域：胞外配体结合区、细胞内具酪氨酸激酶活性的功能区和连接这两个区域的由疏水氨基酸组成的跨膜区。
细胞外结构域包括1个N端球状结构域(Glb)，一个由Sushi结构域和EGF样结构域一起构成富含半胱氨酸的连接区和两个纤粘连蛋白Ⅲ型重复区。其中，球状结构域是与配体结合的关键结构域，决定了受体与配体的结合特性，该结构域的突变可破坏抗EphA3单克隆抗体结合受体的能力。
胞内区包括具酪氨酸激酶活性的结构域、SAM结构域（Sterile α-motif domain）和PDZ结构域。其中具有酪氨酸激酶活性的结构域包含近膜区域（两个参与Eph激酶活化的酪氨酸残基位于该区域上）和与之紧邻的激酶区域。激酶结构域的激活环内有激酶活化所需的第三个酪氨酸残基。

SAM结构域在Eph蛋白家族中高度保守，SAM结构中的酪氨酸残基是使受体信号分子聚集的必需位点。SAM结构域去除降低了EphA3突变体形成二聚体的能力，其磷酸化水平和激酶活性均受到影响

EphA3基因位于3号染色体3p11.2区域，该区域在多种不同的肿瘤组织中都存在着突变。