目前色谱质谱联用仪在分析仪器中具有重要地位。由于色谱仪的色谱柱具有的分离能力，把物质按保留时间大小进行分离，然后通过与标样保留时间进行对比的方法确定物质性质，因此对未知样品很难定性分析。而质谱仪是直接测定物质的质量数与电荷的比值（m/z）在定性分析方面既准确又快速。把色谱与质谱联合起来使用，色谱质谱联用仪型式试验实际上是把质谱仪作为色谱仪的一个通用检测器来使用。
色谱质谱联用仪基本工作原理
为了质谱仪器的正常工作，必须要组成高真空系统的真空室。仪器使用了高性能的涡轮分子泵与前级真空泵构成两级真空机组以确保所需的真空。被分析样品经毛细管柱分离，进入离子源。采用电子电力标准配置（EI），产生正离子，在推斥、聚焦、引出电的作用下将正离子送入四杆系统。四杆在高频电压与正负电压联合作用下形成高频电场，在扫描电压作用下，只有符合四场运动方程的离子才能通过四杆对称中心到达离子检测器，再经离子流放大器放大，产生质谱信号。得到了质谱图，通过解释谱图或进行谱库检索以识别未知样品的组成。
色谱质谱联用仪组成部分
（一）、真空系统：
2级真空：
机械泵和涡轮分子泵
机械泵一般时前级真空，也就是在机械泵把真空降到一定水平后才启动涡轮分子泵，以保护分子泵。所以仪器从大气压到真空合适的状态一般要经过一段时间的。
（二）、进样系统：
从分离装置来的组分（气体或者液体）或者从直接进样杆进液体或者固体样品。
（三）、离子源
离子源： 主要作用是使欲分析的 样品实现离子化，尤其是中性物质带上电荷。
样品本身性质的差异，决定了离子化的方式不能有的离子源，离子源的类型也是多种多样。
（四）、质量分析器
质量分析器是质谱仪的核心部件，因此常以质量分析器的类型来命名一台质谱仪。
( 五）、检测器：目前是光电倍增器应用较广。
( 六）、采集数据和控制仪器的工作站。 
色谱质谱联用仪应用范围
1、应对各种突发事件，如有害物质泄漏、重大环境灾害等。
2、凡是需要气相色谱仪进行检测的场合，特别是对未知样品进行定性分析的地方。
3、反恐斗争、禁毒缉毒、爆炸物品分析等。