不同菌株应采用不同的保藏方法，可选择使用冻干保藏、利用多孔磁珠 在-70℃保藏、使用液氮保藏或其他有效的保藏方法。那么，质控菌种的保藏方法有哪些呢？
1、长期保存法
(1)低温冷冻保存法
  厌氧菌在低温条件下新陈代谢处于抑制状态，不繁殖也不死亡。培养基包括脱纤维羊血、兔血或马血，20%脱脂牛乳，7.5%葡萄糖的马血清。
  将待保存菌株(培养24-48h)加入上述培养基中，封好瓶口，置-70℃液氮或-70℃低温冰箱中保存。菌种不同，保存时间也有差异，zui长可保存10年，zui短可保存2年以上。
(2)冷冻真空干燥法
冷冻真空干燥法的培养基(保存剂)有以下2种。10%-20%脱脂牛奶加入0.1%的谷氨酸钠和0.03%的L-半胱氨酸，煮沸15min消毒，冷却备用。10%蔗糖与马血清的混合液，过滤灭菌，并置厌氧环境中预还原，分装备用。

将培养基48h左右(处于生长静止期)的厌氧菌落或菌苔刮下，加入一定量的上述培养基，混匀分装于安瓿中，置-20℃低温冰箱中迅速冻结，再放入冷冻干燥机内，抽真空16-24小时，然后将安瓿封口，置4℃环境下长期保存。

2、短期保存法
(1)疱肉培养基保存法：用牛肉渣和牛肉浸出液制成疱肉培养管，接种待保存菌株，然后在液体表面覆盖1-50px的石蜡，再将培养基垂直放置片刻，待石蜡凝固置35℃培养(无芽孢厌氧培养72h，普通梭菌培养24h，产期荚膜梭菌和多枝梭菌培养2周左右)，zui后置室温或-20℃保存。发酵糖类的厌氧菌每个月转种1次，不发酵糖类的厌氧菌3-6个月转种1次。
(2)半固体培养基保存法：在上述液体培养基中加入0.2%-0.5%琼脂，制成半固体培养基，接种时用毛细管将待保存的厌氧菌的菌液加入半固体培养管底，表面加入1-50px厚度的液体石蜡，密封管口，35℃培养48小时，置室温或-20℃保存。
(3)丙三醇乳剂培养基保存法在厌氧菌液体培养基(含胰蛋白胨、牛肉膏、酵母浸粉、L半胱氨酸和维生素k等)中加入少量牛肉渣分装于长试管中，接种待保存菌株，置35℃培养48-72h，取出后加入无菌丙三醇(按1:1比例)，盖紧盖子后用石蜡封口，置4℃或-20℃保存。此法适用于保存脆弱拟杆菌、产黑色素普雷沃菌和具核梭杆菌。